A Baía de Guanabara foi o cenário do processo de formação da Marinha Imperial Brasileira. Na ocasião da independência do Brasil, no porto do Rio de Janeiro, encontravam-se alguns navios da Armada portuguesa que haviam caído sob o controle do Governo Imperial brasileiro. Eram seis naus, três fragatas, duas corvetas e três brigues, porém, dentre as naus, principal navio de linha da época, somente a Martins de Freitas estava em boas condições. A Príncipe Real estava desarmada e as outras eram irreparáveis. Mas, com a ajuda de uma subscrição nacional, o apoio dos marinheiros brasileiros e de muitos portugueses, que se tornaram brasileiros por adoção, criou-se a Esquadra Nacional, composta pela Nau Pedro I, três fragatas, duas corvetas e cinco brigues. O Brasil conseguiu constituir uma Força Naval respeitável, em condições de fazer frente aos portugueses.

Foi convidado pelo Governo brasileiro para comandar a recém-criada Armada brasileira, o Almirante inglês Lord Alexander Thomas Cochrane, o qual trouxe consigo mais quatro oficiais britânicos, dentre os quais João Pascoe Grenfell, que se destacou por prestar imensos e inestimáveis serviços à nossa Pátria.

O Almirante Cochrane assumiu o Comando-em-Chefe da Esquadra Imperial em 21 de março de 1823, quando içou, no mastro da Nau Pedro I, o seu pavilhão de 1º Almirante da Marinha do Brasil. A 1º de abril, partiu do Rio de Janeiro com destino a Salvador levando as ordens do Ministro Cunha Moreira, para que estabelecesse um rigoroso bloqueio, destruindo e tomando todas as forças portuguesas que encontrasse, fazendo o maior dano possível ao inimigo. Até os dias atuais a Baía de Guanabara é o maior porto militar brasileiro e nas suas margens e ilhas estão sediadas importantes unidades da Marinha de Guerra do Brasil, tais como a Diretoria Geral do Ministério da Marinha, Diretoria Geral de Navegação e a Escola Naval.

Antigos portos fluviais

Dos rios que deságuam na Guanabara, alguns adquiriram, no período colonial, importância especial com a descoberta do ouro em Minas Gerais. Inicialmente, o metal era transportado para Parati e de lá embarcado para a Metrópole. Eram grandes, porém, os riscos de ataques de piratas. Abriram-se, então, caminhos que davam na Guanabara: o Caminho Velho, de 1698, que servia ao Porto do Pilar, no Rio Pilar, afluente do Iguaçu, e, em 1720, o Caminho Novo, que chegava ao Porto da Estrela, no Rio Inhomirim. Todavia, eram muitos os pequenos portos instalados nos rios, pelos quais passava boa parte da produção agrícola do Rio de Janeiro. Só às margens do Meriti, por exemplo, chegaram a existir 14 portos.

Berquó - Nasce nas encostas que se erguem em direção ao Corcovado, em Botafogo, e no mesmo bairro deságua no mar. Na maré cheia, canoas e faluas o subiam por uma extensão superior a um quilômetro, até a altura da atual rua R